Métabolisme (extrait adapté de Site wiki)
Ontogénèse (extrait de Site wiki - portail des mammifères)
L'ontogenèse (ou ontogénie) décrit le développement progressif d'un organisme depuis sa conception jusqu'à sa forme mûre, voire jusqu'à sa mort. En biologie du développement, ce terme s'applique aussi bien aux êtres vivants non-humains qu'aux êtres humains mais on le retrouve aussi dans le domaine de la psychologie du développement où l'ontogenèse désigne le développement psychologique d'un individu depuis l'enfance jusqu'à l'âge adulte et plus généralement, pour désigner les transformations structurelles observés dans un système vivant qui lui donne son organisation ou sa forme finale.
En biologie de l'évolution, on contraste souvent l'ontogenèse, l'histoire d'un individu particulier, et la phylogenèse, l'histoire évolutive de l'espèce à laquelle appartient cet individu.
Wiktionnaire: Du grec ontos ("être"), et génan ("engendrer"): Développement progressif d'un être vivant de sa conception à sa mort.
Mammifères (extrait de Site wiki - portail des mammifères)
Les mammifères (classe des Mammalia) sont des animaux vertébrés caractérisés par la présence de glandes sudoripares, dont la forme évoluée que sont les glandes mammaires, ainsi que par la présence de poils, les trois osselets de leur oreille moyenne, utilisés pour l'audition, et l'existence dans le cerveau du néocortex. La majorité des mammifères, à l'exception notable des monotrèmes, donnent directement naissance à leurs jeunes plutôt que de pondre des œufs. Ils possèdent également des dents spécialisées, un placenta pour l'ontogenèse, un cœur à quatre cavités.
Population (extrait de Serre (2006), p.18)
L'espèce est par définition un groupe génétiquement fermé au sein duquel les organismes sont susceptibles, par l'alternance méïose-fécondation de séparer ou de réunir les divers allèles de chacun des gènes et de concevoir des combinaisons génétiques nouvelles par la recombinaison génétique.
Tous les individus d'une même espèce, s'ils sont potentiellement susceptibles de réaliser ce brassage peuvent en être pratiquement empêchés quand des barrières limitent les possibilités de croisement entre certains individus.
Une espèce peut donc être subdivisée en sous-groupes au sein desquels la possibilité d'échanges génétiques entre individus est effective; ces sous-groupes sont appelés populations et l'ensemble des allèles qu'ils partagent, pour chacun des gènes de l'espèce, en constitue le patrimoine génétique (pool allélique)
Isolation by distance (extrait de Site wiki - Isolation by distance)
Tendency of individuals to find mates from nearby populations rather than distant populations. As a result of this tendency, populations that live near each other are genetically more similar than populations that live further apart. Isolation by distance results in clinal distribution of traits across a geographic region.
Effective population size (extrait de Site wiki - Isolation by distance)
Number of breeding individuals in an idealized population that would show the same amount of dispersion of allele frequencies under random genetic drift or the same amount of inbreeding as the population under consideration
Ontologie (extrait de: http://gemas.msh-paris.fr/dphan/rochebrune09/index.htm)
En philosophie, l'ontologie, comme branche de la métaphysique, est la science de l'étant et étudie les propriétés de l'être en tant que tel.
Pour le philosophe contemporain Barry Smith (2003), l'ontologie est "la science de ce qui est, des types et structures d'objets, propriétés, évènements, processus et relations dans tous les domaines de la réalité". Dans un sens large, l'ontologie se réfère à l'étude de ce qui pourrait exister".
Une ontologie est donc une théorie des objets et ce qui les lie entre eux. Elle fournit des critères pour distinguer plusieurs types d'objets (concrets ou abstraits, existants ou non-existants, réel ou idéal, indépendant ou non-dépendant) et leurs liens (relations, dépendances, prédication).
On peut distinguer deux sortes d'ontologies : celles qui sont liées à un domaine et celles qui sont indépendantes de tout domaine. Ainsi, pour un domaine donné, définir une ontologie revient à analyser ce domaine, identifier ses entités pertinentes (objets, qualités, relations, processus), et les opérations sur ces entités. Une ontologie de processus permet ainsi de rendre compte de phénomènes dynamiques. L'ontologie introduit également des contraintes sur les concepts que nous pourrons utiliser dans ce domaine (par exemple, des concepts impliquant la continuité ne pourront être appliqués à des unités discrètes, ou encore des agents comportementaux conçus pour appliquer de manière réactive des routines ou des règles prédéterminées ne pourront pas "ne pas avoir compris une règle", ce qui supposerait des agents cognitifs etc...).
Plus récemment, le terme ontologie a été importé dans les domaines des sciences informatiques, pour le design de logiciel et l'ingénierie des modèles, l'intelligence artificielle et le management des connaissances (web sémantique, architectures informationnelles, organisation des données et des connaissances…). Une ontologie est alors une spécification rigoureuse soit de la structure d'une classe de systèmes, soit de la conceptualisation d'un domaine de connaissance (Gruber 1993) et concerne, en première approximation, la formalisation des connaissances sur les objets et les relations de ce domaine : des types abstraits d'entités ou d'objets sont définies ainsi que leurs relations.
L'approche de précaution
Après les plaidoyers pour le " développement des pêches ", les catastrophes économiques causées par les effondrements de stocks dans certains pays ont fait émerger la notion d’une approche précautionneuse de la gestion des pêches (Garcia, 1994, FAO, 1996). Cette approche qui dépasse largement le domaine halieutique sous-tend de nombreux débats implicitement fondés sur des interprétations de cette approche (Godard, 1998). Par exemple, les chercheurs après analyses et suivis des différents stocks exploités préconisent assez généralement la diminution des efforts de pêche même pour les stocks non surexploités. De même, face au constat d’échec de la gestion des ressources marines, de plus en plus de biologistes recommandent l’établissement de " sanctuaires marins ". Enfin, la tendance actuelle à donner un prix au vivant, non plus simplement en tant que valeur d'usage mais aussi en tant que valeur d'existence (Costanza et al., 1997) modifie cette vision des choses. Dans ce contexte, ce sont les raisons économiques, sociales et politiques, et non véritablement écologiques, qui justifient cette vision conservatrice de la nature et des ressources naturelles qui émerge actuellement (extrait de Le Fur, J., Cury, P., Laloë, F., Durand, M.H. et C.Chaboud (1999) Co-viabilité des systèmes halieutiques. Nature, Sciences, Sociétés, vol.7, no2, pp.19-32)
Le formalisme multi-agents
Pour ce qui concerne particulièrement la simulation d'organisations; la cybernétique et la robotique ont produit des avancées significatives dans le cadre extrêmement large de la science des systèmes. Certaines recherches passent encore par la construction physique de modèles réduits (e.g., Kube et Zhang, 1994), mais la plupart utilisent pour se faire les milieux de simulation moins coûteux et parfois plus performants : les ordinateurs (De Rosnay, 1995). Des formalismes issus de l’intelligence artificielle, ont été développés à cet effet. C’est le cas des simulations multi-agents.
Issus de l'intelligence artificielle au début des années 70, les simulateurs multi-agents (Ferber, 1995) appartiennent à la catégorie des modèles informatiques dits individus-centrés. Fondés sur la représentation des interactions entre agents et environnements, ils ont permis des avancées significatives pour l'intelligibilité de domaines jusqu'ici mal compris, pour lesquels l'hétérogénéité des composants et des phénomènes constituaient une caractéristique structurante du domaine. La programmation multi-agents permet de construire des réalités virtuelles dans lesquelles peut être simulée l’interaction des objets et des agents qui constituent une organisation, quelle qu’elle soit (une entreprise, une famille, une ville, une colonie de fourmi, une équipe de football,...).
Selon la méthodologie définie par Ferber (1995), construire un système multi-agent consiste à représenter :
donnée, information, connaissance
La question ici posée est de connaître comment l'on passe de la donnée à l'information puis à la connaissance. Pour aborder cette problématique, on se propose d'abord de produire des définitions de ces trois termes et, par identification des différences entre les définitions, de
Le dictionnaire (Larousse) fournit pour le terme "donnée" des définitions issues de la statistique, de la mathématique, de l'informatique. Pour le terme "information" ces définitions empruntent aux domaines de l'informatique, de la cybernétique. Pour "connaissance", les définitions empruntent à la fois au sens commun et à la philosophie (ex: système d'explication des rapports entre la pensée et le monde extérieur).
L'assurance qualité projet (AQP)
Processus dans lequel les politiques, les lois et les institutions sont mises à profit pour aborder les problèmes d’une société. La gouvernance questionne les objectifs fondamentaux ainsi que les processus et la structure institutionnels qui sont à la base de la planification et de la décision. La gouvernance prépare le terrain sur lequel la gestion va intervenir.
objet de gestion:
On comprend, a priori, par objet de gestion, toute entité structurelle (e.g., une flottille, une entreprise), fonctionnelle (e.g., une filière, une exploitation), spatiale (e.g., un port, une aire de pêche), etc. qu’une instance décisionnelle (gestionnaire, décideur) puisse modifier spécifiquement et globalement. Les unités de gestion peuvent dépendre les unes des autres, s'imbriquer les unes dans les autres ; elles peuvent éventuellement être dynamiques. Les unités de gestion développent des interrelations avec d’autres éléments typologiques tels qu’unité de consommation, de commercialisation, de production, etc. (Auteurs : J. Le Fur)
processus:
1. Enchaînement ordonné de faits ou de phénomènes, répondant à un certain schéma et aboutissant à un résultat déterminé ; marche, développement. Le processus inflationniste. 2. Suite continue d'opérations constituant la manière de fabriquer, de faire qqch ; procédé technique. Processus de fabrication (c) Larousse.
ZEE: Zone Economique Exclusive, zones marines dont le pays riverain a la juridiction.
degré:
unité de mesure d'angle plan (symbole: °), équivalant à l'angle au centre qui intercepte sur la circonférence un arc d'une longueur égale à 1/360 de celle de cette circonférence, soit pi/180 radian.
Processus d'enquêtes type "observatoire des pêches"
la mise au point d'un protocole d'enquête peut être représentée comme un processus(*) en chaîne. Il est constitué de procédures allant de la définition du protocole à la critique des résultats. Chacune de ces étapes conditionne la réalisation de la suivante. Toutes les étapes doivent donc être réalisées. Ce n'est qu'au terme de l'ensemble des processus qu'il est possible d'avoir une bonne connaissance du système d'enquêtes. On peut, alors, choisir les améliorations du système en déterminant quelle est l'étape (protocole, enquêtes, saisie, etc.) qu'il faut revoir.
Le cycle de vie d'un système d'information (Jean Le Fur et Pierre
Chavance, 1998 
)
Pour assurer le fonctionnement du système d’information halieutique, il faut tenir compte qu’au cours du temps de développement et d’utilisation du SI, il y a une évolution :
Le protocole vise donc à l’établissement de la séquence en spirale représentée ci-dessous dans laquelle les étapes sont reproduites mais à chaque fois adaptées à l’évolution de la situation.
Cette approche permet de tenir compte d’une caractéristique essentielle du système d’information halieutique qui est la possibilité d’assurer le suivi dans le temps de l’exploitation étudiée, condition première de sa gestion et de sa viabilité
Biotope
Aire géographique définie de dimension variable, offrant des conditions écologiques spécifiques (types de sol, de climat, d'exposition, d'altitude) constantes ou cycliques et servant de support physique aux êtres vivants constituant la biocénose.
Biotope et habitat
Biotope is an area of uniform environmental conditions providing a living place for a specific assemblage of plants and animals. Biotope is almost synonymous with the term habitat, which is more commonly used in English-speaking countries. However, in some countries these two terms are distinguished: the subject of a habitat is a species or a population, the subject of a biotope is a biological community.
Toshiyuki Hoshino. Fundamental research in nurtural management of large biotope aiming for regeneration of nature: Introduction.extrait de wikipedia
Espèce commensale
dont l'une vit associée à l'autre en en profitant (ex: débris de ses repas), mais sans lui nuire (© Larousse).
néritique (adjectif, du grec nêritês, coquillage de mer)
Se dit d'un dépôt marin constitué de galets, de gravier, de sable, de vase et de boue, s'accumulant sur le plateau continental (© Larousse)
mille, mile, nœud
- mille: Unité de mesure internationale pour les distances en navigation aérienne ou maritime, correspondant à la distance de deux points de la Terre ayant même longitude et dont les latitudes diffèrent d'une minute. (Le mille vaut, par convention, 1.852m, sauf dans les pays du Commonwealth, où il vaut 1 853,18 m.) [On dit aussi mille marin ou mille nautique] .
- mile: Mesure itinéraire anglo-saxonne valant environ 1 609 m.
- nœud: unité de vitesse, utilisée en navigation maritime ou aérienne, équivalant à 1 mille marin par heure, soit 0,5144 m par seconde.
(© Larousse)
implexe adjectif (latin implexus, compliqué)
Dont l'intrigue est très compliquée, en parlant d'un ouvrage littéraire.
(© Larousse)
NOTE: les sept définitions suivantes sont tirées du site de J.G.Richard (http://www.collegesherbrooke.qc.ca/~richarje/)
ensemble des organismes aquatiques vivants près du fond, sur le fond ou dans la vase du fond des plans d'eau douce, saumâtre ou salée et qui en dépendent. (synonyme: démersal).
Unité biogéographique de très grande dimension présentant un ensemble d'espèces animales et végétales assez homogène et en équilibre avec leur milieu climatique.
Ensemble des organismes vivants, qu'ils soient végétaux ou animaux, qui occupent un biotope particulier. (Synonyme: communauté biologique ou biotique).
Tout facteur qui se rapporte aux sols, que ce soit du point de vue pédologique ou écologique.
Place occupée par une espèce dans un écosystème. Elle se définit par son mode de nutrition et ses diverses relations avec les autres composantes vivantes de cet écosystème.
se dit de tout organisme de type autotrophe, c'est à dire capable de tirer directement de l'environnement les éléments chimiques dont il a besoin et d'utiliser exclusivement les rayons solaires à titre de source énergétique. Ils sont donc photosynthétiques et chimiosynthétiques.
se dit en rapport avec la nutrition. En écologie, on parle de niveaux trophiques. Ceux-ci se superposent selon le mode d'alimentation (cueillette d'énergie) des organismes vivants. On considère les grands carnivores au dernier degré de cette pyramide.
théorie
(grec theôria, action d'observer)
- Connaissance spéculative, idéale, indépendante des applications. - En théorie : en spéculant, de manière abstraite.
- Ensemble de théorèmes et de lois systématiquement organisés, soumis à une vérification expérimentale, et qui vise à établir la vérité d'un système scientifique.
- (logique)Théorie déductive : ensemble de propositions démontrées de façon purement logique à partir d'axiomes, et qui énoncent les propriétés qui conviennent à un domaine d'objets. (Par exemple, la théorie des groupes.)
(c) Larousse.
Principal adepte de la théorie de l'évolution organique a accumulé une grande partie de ses preuves en faveur de la sélection naturelle lors de son tour du monde de cinq ans. Darwin a publié sa théorie et la preuve en sa faveur dans son oeuvre principale intitulée De l'origine des espèces. Il était si exhaustif et si persuasif qu'il a été critiqué uniquement pour des raisons philosophiques et non scientifiques.
définition issue du jeu Civilization I (tribute and respect to Sid Meier)
Idiosyncrasie (grec idios, particulier, et sugkrasis, mélange)
Manière d'être particulière à chaque individu qui l'amène à avoir des réactions, des comportements qui lui sont propres.
(c) Larousse.
Principe de Hardy Weinberg
Le principe de (Castle-)Hardy-Weinberg ou la loi ou le modèle du même nom est une théorie qui postule qu'il y a un équilibre de la fréquence des allèles et des génotypes au cours des générations.
Site wiki - Hardy Weinberg
Correlogram
A correlogram is graph of the autocorrelations versus (the time lags). If cross-correlation is used, it is called a cross-correlogram.In the same graph one can draw upper and lower bounds for autocorrelation with significance levelSite wiki - correlogram
Fixation index (
FST)Fixation index (FST) is a measure of population differentiation based on genetic polymorphism data, such as Single nucleotide polymorphisms (SNPs) or microsatellites. It is a special case of F-statistics, the concept developed in the 1920s by Sewall Wright.
Pléiotropie
La pléiotropie (du grec pleio, plusieurs, et tropo, changement) apparaît lorsqu'un gène influe sur plusieurs phénotypes. Par conséquent, une mutation de ce gène provoque plusieurs phénotypes mutants. Cela peut être un problème si on cherche à obtenir une variété pour sélectionner un phénotype particulier.
Site wiki - Pleiotropy
Locus
The position of a gene (or other significant sequence) on a chromosome
Un locus définit un emplacement précis et invariable sur un chromosome, et par extension la carte factorielle le représentant. Un locus peut contenir un gène mais pas nécessairement. /
Site wiki - Locus
Microsatellite
(extrait de wiki)Un microsatellite ou séquence microsatellite est une séquence d'ADN formée par une répétition continue de motifs composés de 2 à 10 nucléotides. Cette séquence est également appelée simple sequence repeats (SSR), short tandem repeats (STR), ou variable number tandem repeats (VNTR). Ces séquences microsatellites sont présentes sur l'ensemble du génome, le plus fréquemment au niveau des introns des gènes mais également au niveau d'exons.La transmission génétique de ces séquences suit les lois de Mendel de l'hérédité.
La longueur de ces séquences, c'est-à-dire le nombre de répétitions, est variable d'une espèce à l'autre, d'un individu à l'autre et d'un allèle à l'autre chez un même individu. En revanche la localisation de ces séquences sur le génome est relativement conservée entre les espèces, c'est-à-dire que leur localisation est sensiblement la même entre des espèces phylogéniquement proches. Le nombre de ces répétitions peut être différent d'une cellule à l'autre chez un même individu du fait d'erreurs au cours de la réplication de l'ADN.
Le polymorphisme des microsatellites peut être utilisé comme marqueur génétique afin d'identifier un invidivu en médecine légale, réaliser un typage moléculaire de certains cancers où les erreurs de réplication peuvent être plus nombreuses que dans des cellules normales, réaliser des recherches de paternité ou identifier des cellules d'un donneur lors du suivi d'une greffe de moelle allogénique, en utilisant la technique dite de chimérisme.
Du fait de leurs caractéristiques les microsatellites peuvent aussi être utilisés comme marqueurs pour construire une carte génétique.
Balancing selection
Balancing selection refers to forms of natural selection which work to maintain genetic polymorphisms (or multiple alleles) within a population. Balancing selection is in contrast to directional selection which favors a single allele
Site wiki - balancing selection
Exon
Chez les organismes eucaryotes, les exons sont les parties transcrites des gènes qui codent des protéines. Les exons représentent aussi les séquences situées en 5' et 3' non traduites.De manière générale, les gènes sont constitués d'une suite d'exons et d'introns alternés. Par exemple : Exon1 - Intron1 - Exon2 - Intron2 - Exon3 - ... La grande majorités des gènes eucaryotes possèdent des introns ; toutefois, certains ne sont composés que d'un seul exon. Le système d'intron exon n'existe pas chez les procaryotes.
Après la transcription, l'ARN synthétisé va subir un certain nombre de modifications, dont l'épissage, au cours duquel les exons vont être « raboutés » et les introns excisés de l'ARN, afin de donner l'ARN mature utilisé pour la traduction en complexes protéiques
Site wiki - exon
Intron
Un intron est une portion de gène non codante.Chez les organismes eucaryotes, les gènes qui codent les protéines sont constitués d'une suite d'exons et d'introns (comme dans intrusif) alternés. Par exemple : Exon1 - Intron1 - Exon2 - Intron2 - Exon3 - ...
Après la transcription, l'ARN synthétisé va subir un certain nombre de modifications, dont l'épissage, au cours duquel les introns vont être excisés de l'ARN. Les exons vont quant à eux être « raboutés » pour donner l'ARN mûr par le mécanisme d'épissage. On obtiendra donc un ARN de type Exon1 - Exon2 - Exon3 - ...
Site wiki - intron
Génome
Le génome est l'ensemble du matériel génétique d'un individu ou d'une espèce encodé dans son ADN (à l'exception de certains virus dont le génome est porté par des molécules d'ARN). Il contient en particulier toutes les séquences codantes (traduites en protéines) et non-codantes (transcrites en ARN, non traduites).La science qui étudie le génome est la génomique.
Site wiki - génome
Se dit d'un gène qui, chez un individu, sera représenté par deux allèles (des variantes de ce gène) identiques.Par extension, on parlera d'individu homozygote pour ce gène.
L'homozygotie s'oppose à l'hétérozygotie.
Site wiki - homozygote
Un haplotype est défini par l'ensemble des différents allèles de gènes présents et génétiquement liés sur un même chromosome.L'ensemble des gènes situés sur un même chromosome et dont les allèles ségrègent ensemble lors de la meiose constituent un haplotype.
Deux gènes situés sur un même chromosome mais dont la transmission simultanée des allèles à la descendance est aléatoire sont dits syntènes
Site wiki - haplotype
Séparé de toute interprétation, loi, finalité ou raison quelconque. Le fait relève de l'accidentellement actuel ou contingent et implique une nécessité inconditionnelle. (extrait de : http://robert.marty.perso.cegetel.net/semiotique/comm-pub/fait.htm)
A measure of the computer time or space required to solve a problem by means of an algorithm of interest, expressed as a function of the dimensions of the problem. If a problem with n dimensions can be solved in at most P(n) time units, where P is a polynomial, then the algorithm is said to have polynomial–time complexity.Complexity science and the future of middleware in a P2P world
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