La gestion adaptative : les méthodes classiques de gestion sont fondées sur des représentations où l'équilibre et l'optimisation conduisent à des solutions uniques. L'importance de l’incertitude (e.g., impact du climat, incertitude des prises, réaction des marchés) et la difficulté de faire des prévisions conduisent certains auteurs (Holling, 1978 ; Walters, 1986) à souhaiter l'abandon de cette approche et à préconiser une gestion plus adaptative de ces système. La théorie mathématique de la viabilité (Aubin, 1996) propose de se représenter les systèmes dynamiques comme des "espaces de phase" au sein desquels certaines "régions" (les "noyaux de viabilité") permettent au système étudié de se maintenir. La gestion adaptative peut-être rapprochée de cette conception. Elle préconise que l’on ne peut prétendre contrôler la variabilité naturelle mais que l’on peut s’y adapter (afin de maintenir le système au sein du "noyau de viabilité"). Le problème se pose cependant de la définition des critères (du "noyau") de viabilité : les objectifs ne sont pas les mêmes selon les points de vue (acteurs, décideurs, public/consommateurs, scientifiques) et l’échelle de temps considérée.
La co-gestion: ce courant de réflexion postule que le pouvoir de décision, de gestion n’est pas et ne doit pas être le seul fait d’entités supérieures (e.g., ministères des pêches, entités de régulation supranationales) mais doit être distribué entre les différents niveaux pertinents de décision. Ce courant s'appuie, selon les auteurs, sur les notions de co-gestion (e.g., Sevaly and Nielsen, 1996, Jentoft et al., 1998), "approche participative", "approche patrimoniale" (Montgolfier et Natali, 1987) ou de "gouvernance" (Banque Mondiale, 1992), selon que l’accent est mis sur les acteurs, la communication, l’objectif ou la fonction de régulation. Cette approche, plus anthropocentrique que "ichthyocentrique", recommande ainsi le plus souvent une "co-gestion" des pêches associant en une approche participative responsables politiques, pêcheurs, industriels, scientifiques, etc. Sous une forme ou une autre, diverses expériences de co-gestion ont vu le jour conduisant parfois à des résultats probants.
L'approche holistique : de nombreux articles sur l’aménagement des pêches ont plaidé pour une approche " holistique " de l’aménagement des pêches (e.g., Charles, 1995, Stephenson et Lane, 1995, Botsford et al., 1997). D'autres travaux proposent de même de nouvelles approches s’inspirant de la systémique (Quensière, 1993, Catanzano et Rey, 1997), d’un retour à la théorie écologique pour les biologistes (Bakun, 1997). Les auteurs montrent que l’activité de pêche devrait être appréhendée comme un parmi de nombreux éléments intervenant dans le fonctionnement des systèmes halieutiques. Cependant, peu de travaux se sont penchés sur les modalités d'articulation de ces différents ensembles.
L'approche de précaution: après les plaidoyers pour le " développement des pêches ", les catastrophes économiques causées par les effondrements de stocks dans certains pays ont fait émerger la notion d’une approche précautionneuse de la gestion des pêches (Garcia, 1994, FAO, 1996). Cette approche qui dépasse largement le domaine halieutique sous-tend de nombreux débats implicitement fondés sur des interprétations de cette approche (Godard, 1998). Par exemple, les chercheurs après analyses et suivis des différents stocks exploités préconisent assez généralement la diminution des efforts de pêche même pour les stocks non surexploités. De même, face au constat d’échec de la gestion des ressources marines, de plus en plus de biologistes recommandent l’établissement de " sanctuaires marins ". Enfin, la tendance actuelle à donner un prix au vivant, non plus simplement en tant que valeur d'usage mais aussi en tant que valeur d'existence (Costanza et al., 1997) modifie cette vision des choses. Dans ce contexte, ce sont les raisons économiques, sociales et politiques, et non véritablement écologiques, qui justifient cette vision conservatrice de la nature et des ressources naturelles qui émerge actuellement.